Holbæk Bryghus er et mikrobryggeri grundlagt i 2005 af en gruppe lokale ølentusiater.
De oprindelige andelshavere måtte give op i 2010, og efter skiftende ejere er det siden 2012 en del af kredsen bag restauranten Bryghuset No5, der ejer bryggeriet.
Bryggeriet har til huse i kælderen under restauranten der først hed Nygade No5, men med tiden har skiftet navn til Bryghuset No5 – Institut for Øllogi og Hektolitteratur.
Holbæk Bryghus er formodentlig Danmarks mindste mikrobryggeri , og de første år blev der kun brygget øl på fad til salg fra restauranten over bryggeriet.
De første øl på flaske kom kort tid før jul 2006,. I dag sælges Holbæk Bryghus øl på flaske primært i Nordvestsjælland.